A mikroszkópszűrőket vizuális megfigyelésekhez és digitális kamerával történő felvételkészítésekhez használják. Segítenek javítani a kép színegyensúlyát, növelni a kontrasztot és a fényerőt, valamint kisimítani az optikai torzulásokat. A szűrő – a színtől függően – a fény egy bizonyos hullámhosszát blokkolja, a többit pedig átengedi.
A kék szűrő kivágja a vörös spektrumot, hűvös árnyalatot kölcsönöz a képnek, a halogén fényforrás meleg megvilágítást természetessé teszi, a kép tisztaságát pedig növeli fáziskontraszt használatakor. A zöld szűrővel kisimítható az akromatikus objektívek szférikus torzítása és javítható a kép tisztasága fáziskontrasztos objektívek használata esetén. A sárga szűrő csökkenti a színhőmérsékletet, javítja a színvisszaadást halogén fényforrás használata során, valamint növeli a kép tisztaságát fém tárgyak szerkezetének a vizsgálatakor. Ha szórt megvilágítást szeretne elérni, matt szűrőt kell használni. Különösen hasznos, ha alacsony nagyítási fokú objektívekkel dolgozik.
A tervezésüknél fogva az összes fényszűrő alkalmas az áteső fényben történő használatra.