A mikroszkópszűrőket vizuális megfigyelésekhez és digitális kamerával történő felvételkészítésekhez használják. A MAGUS LF5 készletben a kék, zöld és sárga színszűrő mellett egy matt szűrő és egy nappali szűrő is található.
A kék, zöld és sárga színszűrők segítenek javítani a kép színegyensúlyát, növelni a kontrasztot és a fényerőt, valamint kisimítani az optikai torzításokat. A szűrő – a színtől függően – a fény egy bizonyos hullámhosszát blokkolja, a többit pedig átengedi. Ha szórt megvilágítást szeretne elérni, matt színszűrőt kell használni. A nappali színszűrőre színkorrekció végett van szükség, amikor halogén fényforrású mikroszkópot használnak. A halogénlámpa „meleg” fényt bocsát ki, a színszűrő pedig eltolja a spektrumot a sárga tartományból az emberi szem számára kellemesebb nappalifény-tartományba.
A MAGUS LF5 készletben található szűrőket visszavert fényű megfigyelésekhez tervezték.